建设项目环境影响是否重大变动，应由环评审批部门进行认定。以下是详细分析：

一. 重大变动的认定主体

1. 环评审批部门的职责：根据《中华人民共和国环境影响评价法》及相关规定，建设项目的环境影响评价文件经批准后，若项目的性质、规模、地点、采用的生产工艺或者防止污染、防止生态破坏的措施发生重大变动，建设单位应当重新报批建设项目的环境影响评价文件。这一过程中，环评审批部门负责对是否构成重大变动进行认定。
2. 专业评估与界定：对于建设项目的重大变动界定，往往需要专业的环境评估和审查。环评审批部门具备相应的专业知识和经验，能够对项目的变动是否构成重大环境影响进行准确判断。

二. 认定流程与依据

1. 提交申请与材料：建设单位在认为项目可能发生重大变动时，需向环评审批部门提交相关申请材料，包括变动情况的详细说明、环境影响分析报告等。
2. 对照清单与评估：环评审批部门在收到申请后，会对照《污染影响类建设项目重大变动清单(试行)》或相关行业建设项目重大变动清单，结合项目的具体情况进行评估。若项目变动属于清单中明确的重大变动情形，则认定为重大变动。
3. 综合判断与决策：对于无法直接对照清单判定的项目变动，环评审批部门会综合考虑项目的性质、规模、地点、生产工艺及环保措施等多个因素，进行综合分析判断，并最终作出是否构成重大变动的决策。

三. 后续管理与要求

1. 重新报批与审查：若项目变动被认定为重大变动，建设单位需重新报批建设项目的环境影响评价文件，并经过环评审批部门的审查批准。
2. 纳入验收或排污许可管理：对于不属于重大变动的项目变动，若项目未验收，则应纳入竣工环境保护验收管理；若项目已完成验收，则应纳入排污许可管理，确保项目的环境影响得到有效控制。

综上所述，建设项目环境影响是否重大变动，应由环评审批部门进行认定。这一认定过程涉及专业的环境评估和审查，以及严格的认定流程和后续管理要求，旨在确保项目的环境影响处于可控状态，实现经济发展与环境保护的协调共进。如有进一步需要，您可以继续咨询我。