工程重大变更的责任承担问题，需根据变更的提出方及变更程序是否合规来综合判断，同时需注意擅自使用工程对质量责任的影响。以下从不同角度进行详细分析：

一、工程变更的质量责任

1. 建设单位提出变更

   • 责任承担：建设单位需对变更所带来的质量影响负责，确保变更后的设计和要求符合工程质量标准。若因变更导致工程质量问题，建设单位应承担修复费用、工期延误赔偿等责任。
   • 法律依据：根据工程变更的一般原则，变更提出方需对变更的合理性和质量影响进行评估，并承担相应责任。

2. 设计单位提出变更

   • 责任承担：设计单位需对变更后的设计质量负责，确保其符合规范和工程质量要求。若设计变更导致质量问题，设计单位需承担赔偿责任，包括工程修复费用及因质量问题造成的损失。
   • 法律依据：设计单位作为工程设计的主要责任方，对设计变更的质量负有直接责任。

3. 施工单位提出变更

   • 责任承担：施工单位提出的变更需经过建设单位、设计单位等相关方的批准。施工单位对变更申请的合理性及变更实施过程中的质量负责。若变更未经批准擅自实施或实施过程中未按照变更后的要求施工，施工单位需对质量问题承担责任。
   • 法律依据：施工单位作为工程实施的具体执行者，对变更的实施过程和质量负有直接责任。若因施工单位原因导致变更实施不当，应承担相应责任。

二、擅自使用工程的质量责任

• 法律规定：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十四条规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，再以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持。
• 责任分析：
  • 发包人擅自使用的情况：发包人在工程未经竣工验收的情况下擅自使用，视为提前接收并实际控制了工程。此时，发包人再以使用部分质量不符合约定为由主张权利，法院通常不予支持，因为发包人擅自使用行为改变了工程的正常验收程序，自行承担了使用过程中可能发现的质量风险。
  • 承包人的责任范围：即使发包人擅自使用工程，承包人仍需在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。地基基础工程和主体结构是建筑物安全的根本保障，承包人对其质量负责是法定的、不可推卸的责任。

三、综合建议

1. 严格遵守变更程序：工程变更必须遵循合同约定的程序，确保变更的合理性和合法性，避免因变更导致的质量问题。
2. 明确质量责任：各方应明确自己在工程变更中的质量责任，确保变更后的工程符合质量标准。
3. 避免擅自使用工程：发包人应等待工程竣工验收后再投入使用，以避免自行承担质量风险。
4. 加强沟通与协作：建设单位、设计单位、施工单位等各方应加强沟通与协作，共同确保工程的质量和安全。

若您在工程变更或擅自使用工程方面遇到法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。