口头合伙协议不可以在工程结束后双方再签纸质协议来替代。口头合伙协议与书面合伙协议在法律上具有不同的效力和证明难度。接下来，我将从以下几个方面对此进行详细解释：

1. 法律效力：

   • 口头协议：虽然口头协议在某些情况下也具有法律效力，但由于其难以证明，往往在法律纠纷中处于不利地位。特别是在建设工程领域，涉及大额资金和复杂合作关系，口头协议很难作为有效证据来支持权益主张。
   • 书面协议：书面协议具有明确的文字记载，双方权利义务清晰明了，是法律纠纷中强有力的证据。

2. 证明难度：

   • 口头协议：一旦发生纠纷，口头协议很难证明其存在和内容。除非有第三方见证或录音等证据，否则很难被法院采信。
   • 书面协议：书面协议以文字形式固定了双方的意思表示，易于保存和查证，是解决纠纷的重要依据。

3. 合伙关系的稳定性：

   • 口头协议：由于缺乏书面记录，口头协议容易导致双方对合伙条款的理解产生分歧，进而影响合伙关系的稳定性。
   • 书面协议：书面协议详细记录了双方的权利义务、出资方式、利润分配等关键条款，有助于维护合伙关系的稳定。

4. 法律建议：

   • 在建设工程领域，由于项目复杂、资金量大，强烈建议双方签订书面合伙协议，以明确双方的权利义务，减少法律纠纷的风险。
   • 如果已经存在口头合伙协议，应尽快将其转化为书面形式，并由双方签字确认，以确保合伙关系的合法性和稳定性。

综上所述，口头合伙协议不能在工程结束后双方再签纸质协议来替代。为了保障双方的合法权益，建议在合伙之初就签订书面合伙协议，并详细记录合伙条款。如果已存在口头协议，应尽快转化为书面形式并签字确认。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。