行政复议制度在实际运行中，确实存在一些不足之处，这些不足主要体现在以下几个方面：
复议机关独立性与公正性受限：
- 复议机关与作出原行政行为的机关往往存在行政隶属关系，这种关系可能导致复议机关在裁决行政纠纷时难以保持完全公正。
- 复议机关有时出于照顾上下级关系或避免成为被告的心理，可能会倾向于维持原行政行为，从而影响复议决定的公正性。
行政复议机构不统一、不独立：
- 行政复议机构分别隶属于各级人民政府和不同的行政职能部门，没有统一的行政复议机构体系，这可能导致复议裁决的不一致性和不公正性。
- 缺乏统一和独立的行政复议机构，也不利于机构的精简和行政效率的提高。
公务员合法权益救济缺失：
- 《行政复议法》未将内部行政行为纳入复议范围，导致公务员的合法权益受到侵犯时无法得到及时、有效的救济。
- 这与保护普通公民合法权益的原则相悖，公务员作为行政机关的一员，其合法权益同样应当得到充分的保障。
对抽象行政行为监督有限：
- 《行政复议法》仅将规章以下的抽象行政行为有限纳入复议范围，对于法规和规章等更高层次的抽象行政行为，行政复议无法发挥监督作用。
- 这导致对抽象行政行为的监督十分有限和薄弱，不利于维护行政行为的合法性和合理性。
复议期间具体行政行为不停止执行的问题：
- 虽然《行政复议法》规定了复议期间具体行政行为不停止执行是原则，但在实际执法中，这一规定往往流于形式。
- 这可能导致当事人的合法权益在复议期间受到持续侵害，无法得到有效保护。
综上所述，行政复议制度在独立性、公正性、统一性、对公务员权益的保障、对抽象行政行为的监督以及复议期间具体行政行为不停止执行等方面存在不足。这些不足需要通过立法和制度的不断完善来加以解决，以更好地发挥行政复议制度在化解行政纠纷、保护当事人合法权益和监督行政机关依法行使职权方面的作用。如果您对行政复议制度有进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。