如果公司员工在公司卖假药的行为中不知情，一般不会承担刑事责任。具体分析如下：
刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于生产及销售假冒药品的商家，将会采取法律手段进行打击。但如果员工确实不知情，且没有参与假药的销售或生产活动，那么员工通常不会背负刑事责任。
行政责任：
- 尽管员工可能不承担刑事责任，但如果公司因售假被查处，员工可能会面临一定的行政责任，如被罚款等，这取决于具体的行政法规和执法情况。
民事责任：
- 从民事责任层面讲，如果员工在工作中存在重大过失，导致公司售假，公司可能会向其追偿损失。然而，如果员工能够证明自己已尽到合理注意义务，对公司售假行为毫不知情且未参与，通常可以免予承担责任。
证据留存：
- 在实际操作中，判断员工是否知情需要综合多方面因素，如工作职责、工作流程以及是否有明显违规行为等。因此，员工应留存相关工作记录、与同事的沟通等证据，以证明自己对公司售假行为的不知情。
综上所述，公司员工在公司卖假药的行为中如果不知情，一般不会承担刑事责任，但可能需要承担一定的行政责任或民事责任（取决于具体情况）。为了保护自己的权益，员工应留存好相关证据，以证明自己对公司售假行为的不知情和未参与。如果你有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。