公司面对劳动仲裁时，可能会担忧多个方面，但最害怕的三个原因可以归纳为以下几点：
经济损失与赔偿压力：
- 公司在劳动仲裁中若败诉，通常需要支付员工经济补偿、赔偿金等，如未签订劳动合同的双倍工资、违法解除劳动合同的赔偿金等。这些直接的经济支出对公司财务构成显著压力。
- 仲裁过程中的律师费、诉讼费等额外费用也增加了企业的成本负担。
企业声誉与形象受损：
- 劳动仲裁案件的公开可能损害企业在合作伙伴、客户及公众心中的形象，影响商业合作和市场拓展。
- 特别是对于一些注重声誉的企业，如私立学校、幼儿园或需要招标投标的公司，劳动仲裁案件可能对其后续业务产生严重影响。
- 裁判文书的网上公示更是对企业口碑的直接打击。
管理秩序受扰与法律风险：
- 劳动仲裁程序需要企业投入大量时间和精力，从准备证据到参加庭审，再到应对后续事宜，都会分散管理者的注意力，影响业务运营和决策效率。
- 企业在劳动仲裁中被认定存在违法行为时，可能面临劳动保障行政部门的处罚，包括罚款、责令改正等，严重时甚至可能导致营业执照被吊销。
- 劳动仲裁裁决具有强制执行力。若企业不履行义务，员工可申请强制执行，企业的财产可能会被查封、扣押或拍卖，还需支付迟延履行期间的债务利息和迟延履行金。
综上所述，公司面对劳动仲裁时最害怕的原因主要集中在经济损失、声誉受损以及管理秩序受扰和法律风险等方面。为了避免这些风险，企业应积极遵守劳动法律法规，建立健全的劳动关系管理制度，加强员工培训，提高法律意识，确保合法用工。同时，企业也应建立有效的沟通机制，及时解决员工诉求，预防劳动纠纷的发生。