对于协议的合同条款有变化时，是原协议作废重签还是在原协议的基础上做补充协议的问题，我可以给出以下建议：

结论前置：具体选择作废重签还是签订补充协议，取决于合同变化的性质、内容以及双方当事人的意愿。一般来说，如果合同变化较小，且不影响原合同的主要内容和结构，可以选择签订补充协议；如果合同变化较大，或者双方希望重新明确权利义务关系，则建议作废原协议并重签新协议。

详细分析：

1. 补充协议：

   • 适用情况：当合同中的部分条款需要修改或补充，且这些修改或补充不会改变合同的基本框架和主要内容时，可以选择签订补充协议。
   • 优势：补充协议能够保持原合同的稳定性和连续性，同时灵活应对合同执行过程中的变化。
   • 注意事项：补充协议应明确说明是对原合同的补充或修改，并详细列出修改或补充的内容。双方应确保补充协议的内容与原合同相协调，避免产生冲突或歧义。

2. 作废重签：

   • 适用情况：当合同中的变化较大，涉及合同的主要条款或结构，或者双方希望重新明确各自的权利和义务时，建议作废原协议并重签新协议。
   • 优势：重签新协议能够更全面地反映双方的新约定，确保合同的准确性和完整性。同时，新协议可以更加明确地界定双方的权利和义务，减少后续执行过程中的纠纷。
   • 注意事项：在作废原协议并重签新协议时，双方应确保新协议的内容完整、准确，并符合相关法律法规的要求。同时，双方应妥善保管好原协议和作废证明，以避免后续出现不必要的法律纠纷。

总结：在选择作废重签还是签订补充协议时，双方应根据合同变化的具体情况和自身需求进行权衡。如果合同变化较小且不影响主要内容和结构，可以选择签订补充协议；如果合同变化较大或双方希望重新明确权利义务关系，则建议作废原协议并重签新协议。无论选择哪种方式，都应确保协议内容的合法性和有效性，并妥善保管好相关文件。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。