如果发现已支付的工程款支付证书上盖的是假章，这是一个非常严重的问题，可能涉及到合同欺诈、伪造公文等违法行为。以下是我对此问题的详细分析：

1. 立即核实情况：

   • 首先，你需要尽快核实支付证书上印章的真实性。可以通过与对方单位联系，要求他们提供真实的印章样本进行对比，或者通过其他途径验证印章的真伪。

2. 评估法律后果：

   • 如果确认印章为假，那么这份支付证书可能无效，意味着工程款的支付可能存在问题。你需要评估这一情况对合同履行、工程进度以及你方权益的影响。

3. 与对方沟通：

   • 在确认印章为假后，应尽快与对方单位进行沟通，了解他们为何会使用假章，并寻求解决方案。如果对方承认错误并愿意纠正，可以协商重新出具真实的支付证书。

4. 采取法律措施：

   • 如果对方不承认错误或拒绝纠正，你需要考虑采取法律措施来保护自己的权益。这可能包括向法院提起诉讼，要求确认支付证书无效，并追讨已支付的工程款。
   • 同时，你也可以向公安机关报案，指控对方涉嫌合同欺诈或伪造公文等违法行为。

5. 保留证据：

   • 在整个过程中，你需要妥善保留所有相关证据，包括假章的支付证书、与对方的沟通记录、印章对比样本等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。

6. 防范未来风险：

   • 为了避免类似情况再次发生，你需要加强内部管理，严格审查合同和支付证书等文件。同时，也可以考虑与对方单位建立更紧密的合作关系，加强互信和沟通。

综上所述，发现已支付的工程款支付证书上盖的是假章后，你应立即核实情况、评估法律后果、与对方沟通、采取法律措施、保留证据并防范未来风险。如果你在这个过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。