工程款支付证书盖假章但签字是真实的情况，一般认定为无效。下面我将从法律角度为您详细分析：

1. 印章的法律效力：

   • 在商业活动中，印章通常被视为公司或个人的正式意思表示的标志。因此，印章的真实性对于文件的法律效力至关重要。
   • 如果工程款支付证书上加盖的是假章，那么这份文件在法律上很可能被视为无效或可撤销的。

2. 签字的法律效力：

   • 签字是另一种表示同意或确认的方式。在许多情况下，签字与印章具有同等的法律效力。
   • 然而，当签字与印章同时存在时，如果印章是假的，而签字是真实的，这可能会引发关于文件真实性和有效性的争议。

3. 综合判断：

   • 在这种情况下，法院或仲裁机构可能会综合考虑多种因素来判断文件的法律效力，包括签字的真实性、印章的假冒情况、当事人的行为意图以及交易习惯等。
   • 一般来说，如果印章是假的，而签字是真实的，但签字人不能证明其签字时是在完全了解并同意文件内容的情况下进行的，或者签字人不能证明其签字是代表公司或个人的正式意思表示，那么这份文件很可能被认定为无效。

4. 法律建议：

   • 如果您面临这样的情况，建议尽快咨询专业律师，以便更详细地了解您的法律权益和可能的法律后果。
   • 在未来的交易中，为了确保文件的法律效力，建议同时要求对方加盖真实印章和签字，并尽可能通过正规渠道验证印章和签字的真实性。

综上所述，工程款支付证书盖假章但签字是真实的情况，一般会被认定为无效。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。