关于国企通勤车是否要列入职工福利费以及是否合法的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

一、通勤车费用是否属于职工福利费

1. 根据相关规定：根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号）的规定，职工福利费主要包括为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利。然而，具体是否将通勤车费用计入职工福利费，还需考虑其实际用途和性质。

2. 通勤车费用的性质：如果通勤车主要用于接送员工上下班，且费用是由企业承担，那么这部分费用更倾向于被视为企业为员工提供的交通补贴，属于非货币性福利的一种。但如果通勤车还用于公司其他业务活动，如开会、接待等，那么其费用可能就需要根据具体使用情况进行分摊，部分可能计入管理费用，部分可能作为职工福利费。

二、通勤车费用列入职工福利费是否合法

1. 税前扣除问题：根据税法规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。因此，如果通勤车费用确实属于为职工提供的福利，且符合税法规定的扣除条件，那么将其列入职工福利费并在税前扣除是合法的。

2. 具体操作：在实际操作中，企业需要确保通勤车费用的支出是合理的、与取得收入直接相关的，并且按照税法规定进行核算和扣除。同时，企业还需要保留好相关凭证和记录，以备税务部门检查。

三、总结与建议

综上所述，国企通勤车费用是否列入职工福利费以及是否合法，取决于其实际用途和性质，以及是否符合税法规定的扣除条件。建议企业在处理通勤车费用时，遵循税法规定，确保支出的合理性和合规性，并保留好相关凭证和记录。如果对于具体处理方式存在疑问，可以咨询专业的税务机构或人员。