在申请报告上面盖了公章，并不意味着就无条件地承认了上面的所有事实。公章作为公司或组织的正式印章，确实在一定程度上代表了公司或组织的认可和授权。然而，是否承认报告中的事实，还需要根据具体情况进行综合分析。

首先，要看盖章的背景和目的。如果是在正常的业务往来或内部审批流程中，为了表明对报告内容的知晓和认可，那么盖章可能确实意味着承认了报告中的事实。但如果是被他人冒用或非法使用公章，比如在伪造的文件上盖章，那么公司或组织显然不会承认这些虚假的事实。

其次，要看报告内容本身的真实性和准确性。即使报告上盖了公章，如果报告内容存在明显错误或虚假信息，公司或组织也有权拒绝承认。因为公章的使用并不能改变事实本身的真假，只是表明了对报告的一种形式上的认可。

此外，还需要考虑法律因素。在某些情况下，即使报告上盖了公章，如果报告内容涉及违法行为或侵犯了他人权益，那么公司或组织也可能因为法律原因而拒绝承认报告中的事实。

综上所述，不能简单地认为在申请报告上面盖了公章就是承认了上面的事实。需要根据盖章的背景、目的、报告内容的真实性和准确性以及法律因素等多方面进行综合判断。因此，在处理涉及公章的问题时，建议务必谨慎对待，并咨询相关专业人士的意见。