关于确认农村土地承包合同无效的机构，这通常涉及到法律判断和权威认定。在我国，确认农村土地承包合同是否无效的机构主要包括以下几类：

一、人民法院

人民法院是确认合同无效的最具权威性的机构。在涉及农村土地承包合同纠纷时，当事人可以向人民法院提起诉讼，请求确认合同无效。人民法院将依据相关法律法规，对合同的有效性进行审查，并作出判决。

二、农村土地承包仲裁委员会

农村土地承包仲裁委员会是专门处理农村土地承包纠纷的仲裁机构。当事人对农村土地承包合同的效力有争议时，可以向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法进行仲裁，对合同的效力作出裁决。

三、农业农村行政主管部门

农业农村行政主管部门在农村土地承包合同中扮演着监管角色。虽然它们不直接确认合同的无效，但在合同执行过程中，如果发现合同存在违法违规情况，如违反土地用途管制、未经法定程序等，农业农村行政主管部门有权进行查处，并可能引发合同的无效认定。

四、相关政府部门

在某些特定情况下，如合同涉及政府部门的批准或特定资质，相关政府部门也可能对合同的效力产生影响。如果合同未获得政府部门的批准或承包方无相关资质，那么合同可能被认定为无效。

综上所述，确认农村土地承包合同无效的机构主要包括人民法院、农村土地承包仲裁委员会、农业农村行政主管部门以及相关政府部门。在涉及合同效力争议时，建议当事人及时咨询专业法律人士，并通过合法途径寻求解决方案。