国有建设用地使用权出让合同按民事案件处理，有可能会被法院驳回。具体分析如下：

1. 行政协议性质：

   • 国有土地出让合同属于典型的行政协议。这是因为行政机关为实现公共利益或行政管理目标，与公民、法人或其他组织协商订立的具有行政法权利义务内容的协议，均属于行政协议范畴。
   • 国有土地使用权出让合同是土地管理部门为实现土地行政管理的目标，行使法律赋予的土地行政管理法定职权，与国有土地使用权的受让人签订的，因此具有行政法上权利义务内容，属于行政协议。

2. 争议解决途径：

   • 根据最高人民法院的相关规定，因签订行政协议行为、行政机关不依法履行或未按照约定履行协议行为、行政机关单方变更或解除协议引发的纠纷，应当通过行政诉讼的途径解决。
   • 因此，如果国有建设用地使用权出让合同发生争议，应当通过行政诉讼而非民事诉讼来解决。

3. 法律依据：

   • 《土地管理法》等相关法律法规也规定了土地权属争议的处理程序，通常包括协商、行政处理以及行政诉讼等步骤。
   • 在未经行政处理之前，直接提起民事诉讼可能会因不符合法定程序而被法院驳回。

综上所述，国有建设用地使用权出让合同按民事案件处理有可能会被法院驳回，因为该类合同属于行政协议，相关争议应当通过行政诉讼途径解决。如果你面临此类问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。