在离婚纠纷中，关于“起诉小三经济往来能否在本起案件中扣除”的问题，首先需要明确的是，这通常涉及两个独立的法律关系：一是婚姻关系中的财产分割问题，二是夫妻一方与第三者的经济往来问题。

1. 核心结论：

   • 起诉小三的经济往来（如赠与、转账等）通常不能直接在离婚案件中“扣除”，而是需要作为另一个独立的诉讼或诉求来处理。
   • 在离婚案件中，法院主要关注的是夫妻双方的财产分割、子女抚养权、抚养费等问题。

2. 详细分析：

   • 婚姻关系中的财产分割：离婚时，夫妻双方需要就共同财产进行分割。如果一方在婚姻关系存续期间擅自将共同财产赠与给第三者，这可能构成对共同财产的非法处置。但这一行为并不能直接在离婚案件中通过“扣除”来解决，而是需要通过诉讼或其他方式要求第三者返还。
   • 与第三者的经济往来问题：如果夫妻中的一方与第三者有经济往来，且这些往来涉及到了夫妻的共同财产，那么受损方可以另行提起诉讼，要求第三者返还相关财产或赔偿损失。这一诉讼与离婚案件是独立的，需要单独处理。
   • 法律程序：在离婚案件中，法院会依据《民法典》等相关法律法规，对夫妻双方的财产进行公正分割。如果涉及第三者的经济往来问题，建议受损方在离婚案件之外，另行提起民事诉讼，以维护自己的合法权益。

3. 法律建议：

   • 如果你发现配偶与第三者有经济往来，且这些往来涉及到了你们的共同财产，建议你及时收集相关证据（如转账记录、聊天记录等），以便在后续的诉讼中使用。
   • 在提起离婚诉讼的同时或之后，你可以考虑另行提起民事诉讼，要求第三者返还相关财产或赔偿损失。
   • 如果你在处理这些问题时遇到困难或不确定如何操作，建议你咨询专业的律师，以获取更具体的法律建议和支持。

综上所述，起诉小三的经济往来通常不能在离婚案件中直接“扣除”，而是需要作为另一个独立的诉讼或诉求来处理。如果你在这方面有法律需求或疑问，可以直接向我咨询。