农民工工资专用账户不可以做协定存款。以下是对此问题的详细分析：

一. 农民工工资专用账户的特殊性质

农民工工资专用账户是施工总承包单位在工程建设项目所在地银行业金融机构开立的，专项用于支付农民工工资的专用存款账户。这一账户的设置旨在保障农民工能够按时足额获得工资，避免拖欠现象的发生。因此，该账户具有特殊的资金用途和管理要求。

二. 协定存款与农民工工资专用账户的不符性

1. 协定存款的定义：协定存款是指客户通过与银行签订《协定存款合同》，约定期限、商定结算账户需要保留的基本存款额度，由银行对基本存款额度内的存款按结息日或支取日活期存款利率计息，超过基本存款额度的部分按结息日或支取日银行公布的高于活期存款利率、低于六个月定期存款利率的协定存款利率给付利息的一种存款模式。
2. 资金用途的不符：农民工工资专用账户的资金用途是专门用于支付农民工工资，其资金流动性和安全性要求远高于普通存款。而协定存款虽然是一种灵活的存款方式，但其资金用途并不特定，可能涉及到企业的日常经营结算等多个方面。因此，从账户性质和管理要求上来看，农民工工资专用账户并不适合办理协定存款。

三. 法律法规的约束

根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，任何单位和个人都不得拖欠农民工工资。这一条例旨在保护农民工的合法权益，确保他们能够及时足额地获得劳动报酬。将农民工工资专用账户用于办理协定存款，可能会影响到工资的及时支付，从而违反这一法规的精神。

我的观点：农民工工资专用账户作为保障农民工工资支付的重要措施，其资金用途和管理要求具有特殊性。因此，不建议将该账户用于办理协定存款等可能影响到工资支付的存款方式。如有进一步需要，您可以继续咨询我。