在工程施工合同中，关于农民工工资专用账户的约定是至关重要的，它直接关系到农民工工资的按时、足额支付，以及农民工合法权益的保障。以下是在合同中如何约定农民工工资专用账户的详细解答：
一、专用账户的开立
开立时间：施工总承包单位应在工程施工合同签订之日起30日内，在工程所在地银行开设农民工工资专用账户。
账户名称：专用账户名称应为施工总承包单位名称加工程项目名称后加“农民工工资专用账户”，以确保账户的专用性和明确性。
三方协议：施工总承包单位需与建设单位、开户银行签订资金管理三方协议，明确各方在专用账户管理、使用、监督等方面的权利和义务。
二、专用账户的管理与使用
资金来源：建设单位应按合同约定的数额或比例，按时将人工费用拨付到专用账户。同时，施工总承包单位也应确保自有资金及时存入该账户，以保障工资支付的充足性。
工资支付：施工总承包单位应根据分包单位提供的实名制管理和工资代发清单，通过专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户。这一过程中，应确保工资支付的准确性和及时性，避免工资被挪用或拖欠。
支付周期：农民工工资的支付周期应根据其工资制度（如月、周、日、小时或计件）确定，并在合同中明确约定。同时，建设单位与施工总承包单位应约定人工费用拨付周期，且周期不得超过1个月，以确保工资的及时支付。
三、专用账户的监督与撤销
监督职责：人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门及金融监管部门负责对专用账户的管理、人工费用拨付、农民工工资支付等情况进行监督检查。施工总承包单位应积极配合相关部门的监督检查工作，确保专用账户的合规使用。
撤销条件：工程完工且未拖欠农民工工资的，施工总承包单位需公示30日，并向项目所在地人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门出具无拖欠农民工工资承诺书。相关部门在10个工作日内审核完毕后，施工总承包单位方可办理专用账户撤销手续，账户余额归施工总承包单位所有。
四、合同中的具体约定条款示例
在合同中，可以明确约定以下条款以规范农民工工资专用账户的管理和使用：
“农民工工资专用账户条款：
施工总承包单位应在合同签订之日起30日内，在工程所在地银行开设农民工工资专用账户，并与建设单位、开户银行签订资金管理三方协议。
专用账户名称为：施工总承包单位名称+工程项目名称+‘农民工工资专用账户’。
建设单位应按合同约定的数额或比例，按时将人工费用拨付到专用账户。施工总承包单位应确保自有资金及时存入该账户，以保障工资支付的充足性。
施工总承包单位应根据分包单位提供的实名制管理和工资代发清单，通过专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。
农民工工资的支付周期应根据其工资制度确定，并在本合同中明确约定。建设单位与施工总承包单位约定的人工费用拨付周期不得超过1个月。
工程完工且未拖欠农民工工资的，施工总承包单位需公示30日，并向项目所在地人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门出具无拖欠农民工工资承诺书。相关部门审核完毕后，施工总承包单位方可办理专用账户撤销手续。”
通过以上约定，可以确保农民工工资专用账户在合同中的明确性和可操作性，从而有效保障农民工的合法权益。