关于建筑企业资质到期后在建工程应如何处理的问题，以下是一些详细的解答和建议。

首先，需要明确的是，建筑企业的资质是其开展建筑活动的合法凭证。一旦资质到期，企业必须尽快按照相关规定办理延续手续，以确保能够继续合法从事建筑活动。如果资质到期未能及时延续，企业将面临无法合法承接新工程的风险，甚至可能影响到在建工程的正常进行。

针对在建工程，以下是一些具体的处理建议：

1. 提前自查与准备：

   • 在资质到期前（通常建议提前3个月），企业应自查是否满足资质延续的条件，包括人员配置、业绩完成情况及资产状况等。
   • 同时，应准备好延续资质所需的申请材料，如资质申请表、营业执照副本、资质证书正副本、主要人员资料及业绩证明材料等。

2. 及时提交延续申请：

   • 在自查满足延续条件后，企业应尽快通过指定的政务服务平台或按当地要求的方式，将申请材料提交给原资质许可机关。
   • 提交申请后，应密切关注审批进度，以便及时获取审批结果。

3. 确保在建工程合规进行：

   • 在等待资质延续审批的过程中，企业应确保在建工程继续按照相关法律法规和合同要求进行。
   • 如果因资质问题导致在建工程受阻，企业应及时与相关部门和业主沟通，说明情况并寻求解决方案。

4. 处理特殊情况：

   • 如果企业因故未能及时申请资质延续，但逾期未超过规定期限（如某些地区可能允许一定的宽限期），企业仍有机会补救。此时，应尽快提交逾期申请的说明，并按正常延续申请的要求准备材料。
   • 如果逾期超过规定期限，资质证书将自动失效。此时，企业需重新申请资质，流程和要求与初次申请相似，且可能面临更严格的审查。在这种情况下，企业应尽快启动重新申请流程，并努力满足新的资质标准。

5. 保持合规经营：

   • 无论资质是否到期，企业都应严格遵守相关法律法规和行业标准，确保合规经营。
   • 任何违法行为或严重问题都可能影响资质的延续或重新申请，甚至导致企业被取消资质或面临其他法律后果。

综上所述，建筑企业应高度重视资质管理，确保在资质到期前及时办理延续手续。同时，应保持合规经营，维护良好的信用记录，以确保在建工程的顺利进行和企业的持续发展。