下游被认定虚开只有罚款，可能是因为仅涉及到了税务违规行为，而尚未构成犯罪，或者尚未被税务机关采取更严厉的强制措施。具体分析如下：
一. 虚开行为的法律后果
- 税务违规：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》等相关规定，如果纳税人取得的增值税扣税凭证不符合规定，其进项税额不得从销项税额中抵扣。这意味着，如果下游单位被认定虚开，其可能面临进项税额无法抵扣的情况，进而可能需要补缴税款，并可能受到税务机关的罚款。
- 构成犯罪：虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，如果情节严重，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。但在此情况下，通常会伴随更严厉的处罚，如监禁等，而不仅仅是罚款。
二. 罚款作为初步处罚
- 在税务实践中，对于虚开行为，税务机关通常会首先进行税务稽查，确认违规事实后，根据违规情节的轻重，对纳税人进行相应的处罚。罚款是其中一种常见的处罚方式，尤其是对于尚未构成犯罪的虚开行为。
- 如果虚开行为情节严重，或者纳税人拒不接受处罚，税务机关可能会采取更严厉的强制措施，如冻结银行账户、查封财产等，甚至可能移送司法机关追究刑事责任。
三. 建议与后续行动
- 我建议下游单位在收到税务机关的处罚通知后，应首先确认处罚的合理性，并尽快采取措施补缴税款、缴纳罚款，以避免进一步的法律后果。
- 同时，下游单位应加强对税务合规的管理，确保未来不再发生类似违规行为。
- 如果对处罚有异议，或者认为处罚过重，可以依法向税务机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼。
综上所述，下游被认定虚开只有罚款，可能是因为其虚开行为尚未构成犯罪，或者税务机关尚未采取更严厉的强制措施。但无论如何，下游单位都应认真对待税务合规问题，避免未来再次发生类似违规行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。