针对您提出的问题，当原告仅凭借条5万元起诉，而没有提供转账凭证时，被告可以如何应对，以下是我的详细解答：
首先，要明确的是，借条虽然能够证明双方有借款的合意，但并不能直接证明借款已经实际发生。在缺乏转账凭证的情况下，被告完全有可能提出抗辩，称虽然出具了借条，但并未实际收到款项。
针对这种情况，法院在审理时会综合考量多种因素，包括但不限于以下几点：
双方的资金往来情况：法院会审查原、被告之间过往的资金往来，以判断是否存在与借条相对应的款项流动。
借款用途：了解借款的具体用途，以及该用途是否合理、符合常理，有助于判断借款的真实性。
当事人的经济能力：考察原、被告的经济状况，包括收入、财产等，以评估原告是否有出借能力，以及被告是否有借款需求。
交易方式、交易习惯：考虑当地或当事人之间的交易方式、交易习惯，例如是否习惯以现金交易，或者是否通常通过银行转账等方式进行。
证人证言：如果有相关证人能够证明借款的交付过程或相关事实，其证言将对案件的审理产生重要影响。
其他证据：原告应尽可能提供其他证据来佐证借款的交付，如聊天记录、通话录音、视频等。这些证据虽然可能不是直接证据，但能够在一定程度上增强借条的证明力。
作为被告，在应对此类诉讼时，可以采取以下策略：
积极抗辩：明确提出抗辩理由，即虽然出具了借条，但并未实际收到款项。同时，提供相关证据来支持自己的抗辩主张。
要求原告举证：强调原告应承担举证责任，即证明借款已经实际交付给被告。如果原告无法提供充分的证据来支持其主张，那么被告的抗辩将更有可能被法院采纳。
申请法院调查取证：如果认为有必要，可以向法院申请调查取证，以获取与案件相关的证据材料。
综上所述，当原告仅凭借条起诉而没有转账凭证时，被告应积极抗辩、要求原告举证，并可以根据需要申请法院调查取证。同时，法院也将综合考量多种因素来判断借款的真实性。因此，作为被告，应充分利用法律赋予的权利和程序来维护自己的合法权益。