当发现工资多支付给员工时，可以按照以下步骤进行处理：

一、及时与员工沟通

首先，应尽快与员工取得联系，并以平和、诚恳的态度向其说明情况。清晰告知员工多发的金额，并请求其退还。这种方式简单直接，如果员工通情达理并认可多发工资的事实，问题往往能够迅速得到解决。

二、发出书面通知

如果与员工沟通未能达成一致，或者员工拒绝退还多发工资，企业可以向员工发出书面通知。在通知中，应详细写明多发工资的事实，包括具体金额、发放时间等，并明确要求员工退还的期限。书面通知不仅是对员工的正式提醒，也是后续采取法律措施的重要依据。

三、考虑法律途径

若员工在书面通知规定的期限内仍未退还多发工资，企业可以考虑通过法律途径解决。从法律层面看，多发的工资属于不当得利。企业可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求员工返还多发工资。仲裁裁决具有强制执行力，能够确保企业的合法权益得到有效维护。

四、保留相关证据

在整个处理过程中，企业应妥善保留工资发放记录、与员工的沟通凭证（如聊天记录、邮件等）、书面通知以及可能的法律文件等相关证据。这些证据在后续的法律程序中将起到至关重要的作用，有助于证明企业的合法权益和员工的违约行为。

五、注意诉讼时效

如果选择通过法律途径解决纠纷，还应注意诉讼时效问题。一般民事权利的诉讼时效为三年，从知道或应当知道权利受到侵害之日起计算。因此，企业在发现多发工资后应尽快采取行动，在时效内维护自身权益。

综上所述，处理工资多支付的问题需要企业及时、有效地与员工沟通，并在必要时采取法律措施。同时，企业应注重保留相关证据，以确保自身权益得到有效保护。