代替老板算运费少给了5000元，老板知道后补上，这一行为虽然可以纠正错误，但是否合法合规还需根据具体情况分析。

一. 法律角度分析

1. 如果少给运费是因为计算错误或疏忽：

   • 根据《民法典》的相关规定，当事人因重大误解或计算错误订立的合同，有权请求法院或仲裁机构变更或撤销。但在此案例中，由于已经实际履行了部分支付义务，只是数额有误，所以更可能的是通过协商或补充支付来纠正错误。
   • 我建议：老板在知道错误后，应及时与对方沟通，说明情况并补上差额，以维护双方的合法权益和良好关系。

2. 如果少给运费是故意为之，且数额较大：

   • 这可能构成欺诈或不当得利，对方有权要求返还并可能追究法律责任。
   • 我建议：老板应严肃处理此事，不仅要补上差额，还应调查原因，对相关人员进行适当处理，以避免类似情况再次发生。

二. 实际操作建议

• 及时沟通：老板在发现错误后，应第一时间与对方取得联系，说明情况并表达补差的意愿。
• 保留证据：双方沟通的记录、支付凭证等应妥善保存，以作为后续处理的依据。
• 规范流程：为避免类似错误再次发生，老板应审视并优化运费计算、支付等流程，确保准确性和合规性。

综上所述，代替老板算运费少给了5000元，老板知道后补上这一行为本身是值得肯定的，但具体是否合法合规还需根据少给运费的原因、双方沟通情况等因素综合判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。