企业查漏补缺补充材料的合法性是受到法律保护的。以下是对此问题的详细分析：

一. 企业查漏补缺补充材料的必要性

1. 确保合规性：企业在运营过程中，可能会因各种原因导致部分材料缺失或不完善。为了确保企业的运营符合相关法律法规的要求，企业有必要进行查漏补缺，补充完整相关材料。

2. 维护合法权益：在某些情况下，如环保督查、行政许可审查等，企业材料的完整性和准确性直接关系到企业的合法权益。通过查漏补缺，企业可以避免因材料不全而可能引发的处罚或损失。

二. 企业查漏补缺补充材料的合法性依据

1. 《中华人民共和国民法典》：该法典中的合同漏洞填补规则为企业在合同材料不全时提供了法律依据。根据《中华人民共和国民法典》第五百一十条、第五百一十一条的规定，当事人在合同生效后，对质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以进行补充。这一规定同样适用于企业在运营过程中对其他类型材料的补充。

2. 《中华人民共和国档案法》：对于涉及职工档案等材料的企业，该法明确规定了档案的完整性和法律要求。企业有责任确保职工档案的完整性，对于短缺的资料应当及时补齐。这一规定同样适用于企业其他重要材料的查漏补缺。

三. 企业查漏补缺补充材料的注意事项

1. 及时性和准确性：企业在查漏补缺时，应确保补充材料的及时性和准确性。避免因材料补充不及时或不准确而引发新的问题。

2. 合法性和合规性：企业在补充材料时，应确保所补充材料的合法性和合规性。避免使用虚假材料或违反法律法规的材料来填补漏洞。

3. 程序合法性：企业在面对环保督查、行政许可审查等情况时，应审查相关程序的合法性。若督查或审查程序存在违法问题，企业可依据相关法律法规提起诉讼或申请行政复议，维护自身合法权益。

我的观点：企业查漏补缺补充材料的合法性是受到法律保护的。但企业在实际操作中应确保补充材料的及时性和准确性，并遵守相关法律法规的要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。