在综合工时工作制下，加班的计算与多个因素相关，包括计算周期、工作时间标准、加班认定以及加班费计算等。以下是对此问题的详细解答：

一、综合工时工作制的定义与计算周期

综合工时工作制是以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间的一种制度。这意味着，某一具体日（或周）的实际工作时间可能会超过8小时（或40小时），但只要整个周期内的总实际工作时间不超过总法定标准工作时间，就不视为加班。

二、加班的认定

1. 超出周期法定标准工作时间：在综合计算周期内，若劳动者的实际工作时间总数超过该周期的法定标准工作时间总数，超出部分应视为延长工作时间，即加班。

2. 休息日工作：休息日安排劳动者工作的，应先按同等时间安排补休。若不能安排补休，则视为加班。

3. 法定节假日工作：无论是否在综合计算周期内，法定节假日安排劳动者工作的，都视为加班。

三、加班费的计算

1. 延长工作时间加班：用人单位应按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。

2. 休息日加班：若不能安排补休，则加班工资按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%支付。

3. 法定节假日加班：用人单位应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。

四、加班时长限制与特殊情况

• 加班时长限制：虽然综合工时制在计算周期内的工作时间可以灵活安排，但延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
• 特殊情况处理：在综合计算周期内，若恰逢有休息日或法定节假日安排劳动者工作的，应优先安排补休或按照上述标准支付加班费。

五、违法情况

• 如果用人单位未按照上述规定支付加班费或安排补休，或者延长工作时间的小时数超过了每月36小时的限制，就可能构成违法。
• 此外，用人单位还需要确保综合工时工作制的实施已经过劳动行政部门的批准，并且符合当地法律法规和政策的要求。

六、注意事项

• 不同地区对于综合工时制的具体规定可能有所不同，用人单位需根据当地法律法规和政策执行。
• 用人单位应建立健全劳动规章制度，确保加班工资的计算与支付符合相关法律法规的规定，并详细记录加班情况以备检查。

综上所述，综合工时工作制下的加班计算是一个综合考量多个因素的过程。用人单位应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保劳动者的合法权益得到充分保障。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到加班工资纠纷时能够依法维护自己的合法权益。