对供应商来料不良的费用扣款规定，通常应由双方合同明确约定，并遵循相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

一. 合同约定

1. 扣款条款：在供需双方签订的采购合同中，应明确约定关于来料不良的费用扣款条款。该条款应详细规定不良品的定义、检测标准、扣款比例或金额、扣款流程等，以确保双方在发生来料不良时能够有据可依。
2. 违约责任：合同中还应明确供应商的违约责任，包括因来料不良给采购方造成的损失赔偿责任等。这有助于在发生纠纷时，明确双方的权利和义务。

二. 法律法规遵循

1. 《中华人民共和国合同法》：根据该法，合同是双方意思表示一致的产物，对双方具有法律约束力。因此，关于来料不良的费用扣款规定，首先应遵循双方合同的约定。
2. 《中华人民共和国产品质量法》：该法规定了产品质量的基本要求，供应商应确保所提供的来料符合合同约定的质量标准。如来料不良，供应商应承担相应的法律责任，包括但不限于赔偿损失、承担违约责任等。

三. 实际操作建议

1. 明确标准：在合同中明确来料不良的检测标准和扣款标准，避免后续产生争议。
2. 及时沟通：在发现来料不良时，采购方应及时与供应商沟通，协商处理方案，并依据合同条款进行扣款。
3. 保留证据：采购方应保留来料不良的检测报告、照片等证据，以便在后续纠纷中证明供应商的责任。

综上所述，对供应商来料不良的费用扣款规定，应由双方合同明确约定，并遵循相关法律法规。在实际操作中，建议双方明确标准、及时沟通、保留证据，以确保双方权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。