针对“脂肪瘤检查按个数收费是否合法”的问题，首先我们需要明确的是，医疗收费的合法性主要取决于它是否遵循了国家的相关法律法规、政策文件以及诊疗技术规范。

从您提供的参考信息中，我们可以看到国家多部门已经联合开展了不合理医疗检查专项治理行动，其中明确提到了对“违规收取医疗检查费用”等违法违规行为进行严厉打击，并依法依规严肃处理。这表明，国家对于医疗收费的合规性有着严格的监管和要求。

具体到脂肪瘤检查按个数收费的情况，如果这种收费方式没有明确的法律依据或政策支持，且存在损害患者利益、诱导过度检查等不合理行为，那么它很可能是不合法的。因为按照一般的医疗收费原则，收费应该基于提供的医疗服务内容、技术难度、资源消耗等因素来确定，而不是简单地按照检查项目的个数来计费。

此外，参考国家医保局印发的相关文件，我们也可以看到医疗服务价格的制定是需要经过严格立项和审批的，不能随意定价或乱收费。因此，对于脂肪瘤检查按个数收费的情况，我们需要进一步了解其具体的收费依据、收费标准以及是否符合国家的相关规定和政策要求。

综上所述，脂肪瘤检查按个数收费是否合法，需要具体问题具体分析。如果这种收费方式存在违法违规或不合理之处，患者可以向相关部门进行投诉或举报，以维护自己的合法权益。同时，也建议医疗机构在收费时遵循国家的相关法律法规和政策要求，确保收费的合理性和合法性。