检察院不起诉后，林业局应根据具体情况决定是否继续行使行政职权或采取其他措施。以下是详细分析：

一. 检察院不起诉的法律效力

1. 不起诉决定书的送达：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百八十条，对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。这标志着刑事诉讼程序的终止。

2. 被害人的救济途径：被害人如果不服不起诉决定，可以在法定期限内向上一级人民检察院申诉，或者直接向人民法院起诉。这体现了法律对被害人权益的保障。

二. 林业局的处理方式

1. 依据不起诉决定书：林业局在收到检察院的不起诉决定书后，应首先确认不起诉的法律效力，即确认案件是否已不再涉及刑事责任。

2. 行使行政职权：

   • 若案件涉及林业局的行政管理职权，如违法砍伐林木、非法占用林地等，且检察院的不起诉决定并未否定违法事实的存在，林业局应依据相关法律法规，继续行使行政职权，如进行行政处罚、要求恢复原状等。
   • 例如，若某企业非法砍伐林木，检察院因证据不足不起诉，但林业局仍可依据《森林法》等相关法律法规，对企业进行行政处罚。

3. 配合司法程序：

   • 若被害人选择向人民法院起诉，林业局应积极配合司法程序，提供必要的证据材料，协助法院查明事实。
   • 林业局在行使行政职权时，也应注意与司法程序的衔接，避免冲突和重复处理。

4. 内部审查与整改：

   • 林业局还应对案件进行内部审查，分析不起诉的原因，是否存在执法不当或证据收集不足等问题，以便及时整改和提升执法水平。

我建议：林业局在收到检察院的不起诉决定书后，应及时组织相关人员对案件进行复核，明确不起诉的法律效力及后续处理方式。同时，加强与检察院、法院的沟通协作，确保行政执法与司法程序的顺畅衔接。如有进一步需要，您可以继续咨询我。