最低工资标准不包括加班费。

详细来说，最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内，提供了正常劳动后，用人单位应支付的最低劳动报酬。这一标准强调的是“正常工作时间”内的劳动报酬，并不涵盖超出此范围外的额外劳动所得，如加班费、特殊工作环境下的津贴以及法律规定的福利待遇等。

加班费是劳动者在超出法定标准工作时间之外，因从事额外劳动而获得的报酬，与最低工资标准在性质上是独立的，互不影响。用人单位在支付劳动者工资时，应确保基本工资部分不低于当地最低工资标准，并另行支付加班费。

因此，如果用人单位声称支付的工资已超过最低标准，但将加班费计算在内，这是不合理的。劳动者有权要求用人单位确保基本工资部分不低于当地最低工资标准，并另行支付加班费。如果发现单位存在违规行为，劳动者可以向当地劳动监察部门进行举报，以维护自己的合法权益。