玉米自交系侵权应按照相关法律法规进行处理，主要涉及停止侵权、赔偿损失及承担相应法律责任。以下是针对玉米自交系侵权问题的详细分析：
一. 明确侵权行为与法律依据
侵权行为定义：
- 玉米自交系侵权通常指未经许可，擅自使用他人拥有植物新品种权或商业秘密的玉米自交系进行生产、销售或其他商业活动的行为。
法律依据：
- 《中国植物新品种权保护条例》及其实施细则，为植物新品种权提供了法律保护。
- 《反不正当竞争法》及最高人民法院相关司法解释，对涉及商业秘密的侵权行为进行了规定。
二. 侵权处理流程
权利确认：
- 首先，需要确认权利人对玉米自交系是否拥有植物新品种权或商业秘密。这通常涉及对育种过程、选育记录、保密措施等的审查。
侵权证据收集：
- 权利人应收集侵权人使用、生产、销售侵权玉米自交系的证据，包括但不限于销售记录、产品样本、宣传资料等。
法律途径选择：
- 权利人可以选择通过行政途径（如向农业农村部门举报）或司法途径（如提起诉讼）来维护自身权益。
三. 法律后果与责任承担
停止侵权：
- 侵权人应立即停止侵权行为，包括停止生产、销售侵权玉米自交系及销毁相关库存产品。
赔偿损失：
- 侵权人应赔偿权利人因侵权行为所遭受的损失，包括直接经济损失和合理维权费用。赔偿数额的确定可能涉及对侵权行为的持续时间、侵权规模、侵权产品利润等因素的考虑。
承担法律责任：
- 情节严重的侵权行为还可能构成犯罪，侵权人需承担相应的刑事责任。此外，侵权人还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
四. 案例分析
- 例如，在“郑单958”玉米杂交种侵权案中，法院最终判决侵权公司停止侵权并赔偿损失。此案涉及了植物新品种权的许可使用、侵权行为的认定及赔偿数额的确定等问题，为处理类似案件提供了有益的参考。
五. 建议
我建议权利人在发现侵权行为时，应及时采取法律手段维护自身权益。同时，加强知识产权保护意识，完善内部管理制度和保密措施，以预防侵权行为的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。