如遇植物新品种侵权，应立即向县级以上人民政府农业行政部门请求处理。具体处理流程和建议如下：

一. 明确侵权定义与管辖

1. 侵权定义：根据《农业植物新品种权侵权案件处理规定》，品种权侵权案件指的是未经品种权人许可，以商业目的生产或销售授权品种的繁殖材料，以及将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料的行为。
2. 管辖机构：县级以上人民政府农业行政部门负责处理本行政区域内发生的植物新品种权侵权案件。

二. 准备请求处理材料

• 作为品种权人或利害关系人（如实施许可合同的被许可人、合法继承人等），需要提交请求书及品种权证书复印件，按被请求人数量提供副本。请求书需详细记载双方信息、请求事项、事实和理由等。

三. 了解请求处理流程

1. 申请与受理：向农业行政部门提交请求书后，农业行政部门将在收到请求书后7日内决定是否受理，并书面通知请求人。立案后将指定单数承办人员处理。
2. 审理与决定：农业行政部门主要以书面审理为主，必要时可举行口头审理。审理结束后，将根据事实和法律规定作出处理决定，包括责令停止侵权行为、没收违法所得和种子、处以罚款等。

四. 知悉可能的处理结果

• 如果侵权行为被认定，农业行政部门将责令侵权人立即停止侵权行为，并可能采取没收违法所得、处以罚款等措施。处理决定书将详细载明相关信息，并由承办人员署名和加盖公章。

五. 了解救济途径与强制执行

• 如对处理决定不服，可在规定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。若期满不申请复议或不起诉又不履行处理决定的，农业行政部门有权申请人民法院强制执行。

六. 考虑调解与赔偿

• 在处理过程中，农业行政部门可基于自愿原则对损害赔偿进行调解。赔偿数额通常根据损失或侵权人获得的利益来确定。

我建议：在遭遇植物新品种侵权时，应及时收集证据，并按照上述流程向县级以上人民政府农业行政部门请求处理。同时，考虑咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。如有进一步需要，您可以继续咨询我。