代理公司通常会将中标通知书存档。以下是对此结论的详细分析：
一. 存档的必要性
- 法律依据：根据相关法律法规，如《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，以及《工程建设项目货物招标投标办法》等，虽然未直接规定代理公司必须存档中标通知书，但中标通知书作为招投标活动的重要法律文件，其保管和存档对于确保采购活动的合法性和可追溯性具有重要意义。
- 业务实践：在招投标实践中，代理公司作为专业的服务机构，通常会建立完善的档案管理制度，以确保所有相关文件的完整性和可追溯性。中标通知书作为关键文件之一，自然会被纳入存档范围。
二. 存档的方式和期限
- 存档方式：代理公司可能会采用电子或纸质形式对中标通知书进行存档。电子存档便于快速检索和长期保存，而纸质存档则提供了更直观的证据支持。无论采用哪种方式，都应确保存档的安全性和可访问性。
- 存档期限：存档期限通常根据相关法律法规和行业标准来确定。一般来说，中标通知书的存档期限应不少于项目执行期限，并可能根据需要在项目结束后继续保留一段时间，以确保在必要时能够提供有效的法律证据。
三. 存档的意义
- 法律证据：在发生法律纠纷或争议时，中标通知书作为关键证据，可以证明招投标活动的合法性和中标结果的有效性。
- 业务管理：存档中标通知书有助于代理公司完善业务管理，提高服务质量。通过回顾和分析历史项目，公司可以总结经验教训，优化招投标流程，提升客户满意度。
综上所述，代理公司通常会将中标通知书存档，以确保其合法性和可追溯性，并为未来的法律纠纷或业务管理提供有力支持。如有进一步需要，您可以继续咨询我。