申请鉴定时施工图纸应由施工单位出具，并由设计单位、建设单位等相关方确认。具体分析如下：

一. 施工图纸的出具与确认

1. 施工图纸的出具：

    - 在建设工程施工过程中，施工图纸是施工的重要依据，通常由施工单位根据设计要求进行绘制。施工图纸详细描述了工程的施工内容、尺寸、材料等信息，是施工过程中的基本指导文件。
   

2. 施工图纸的确认：

    - 施工图纸在出具后，需要经过设计单位、建设单位等相关方的确认。设计单位会对施工图纸的专业性、准确性进行审查，确保其符合设计要求；建设单位则会对施工图纸的可行性、合规性进行审核，确保其符合建设项目的整体规划和要求。
   

二. 申请鉴定时施工图纸的作用

• 在建设工程施工合同纠纷中，如果涉及工程质量、工程量或工程造价等争议，往往需要对施工图纸进行鉴定。此时，施工图纸作为重要的证据材料，能够明确施工内容、尺寸和材料等信息，为鉴定提供准确的依据。

三. 法律依据

• 虽然《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国合同法》等法律法规并未直接规定施工图纸的出具和确认主体，但在实际施工过程中，施工图纸的出具和确认是工程建设的基本流程，也是各方当事人的基本义务。因此，在申请鉴定时，施工图纸应由施工单位出具，并由设计单位、建设单位等相关方确认，以确保其准确性、合规性和有效性。

综上所述，申请鉴定时施工图纸应由施工单位出具，并由设计单位、建设单位等相关方确认。这一做法符合建设工程施工的基本流程和要求，也能够为鉴定提供准确的依据。如有进一步需要，您可以继续咨询我。