当被告已经将钱还给原告后，要使案件得以结案，需要遵循一定的法律程序。以下是详细的结案流程：
首先，明确结案的前提：被告已完全履行了还款义务，这是结案的基础。
接下来，根据具体情况，结案可以通过以下几种方式进行：
原告申请结案：
- 原告需向法院提交书面申请，明确表达请求解除对被告财产所采取的保全措施（如果有的话）。
- 原告要携带已经生效的判决书以及被告还款的相关凭证等材料，亲自前往法院办理执行结案的手续。
- 法院会对原告的申请和被告的还款情况进行严格的核实，确认无误后，会出具执行结案通知书，意味着案件正式宣告结案。
法院依职权结案：
- 在某些情况下，即使原告没有主动申请，执行法院也有权在核实到被告已足额履行还款义务后，依职权主动对案件进行结案处理。
诉讼案件中的特殊处理：
- 如果被告在判决前或判决后自动履行了还款义务，原、被告双方可以共同前往法院，由原告向法官说明情况。此时，原告可以申请撤诉，或由法院根据案件已履行完毕的情况做结案处理。
在结案过程中，需要注意以下几点：
- 还款凭证的重要性：被告在还清欠款后，应确保向原告索取收款凭证或由原告出具收条，这是证明双方债务已经结清的关键证据。
- 转账备注的明确性：如果被告是通过转账等方式进行还款的，建议在转账备注中清晰注明这是用于履行本案判决的款项，以避免后续可能出现的纠纷。
- 遵循法定程序：无论是哪种结案方式，都需要遵循法定的程序和要求，确保案件的妥善处理。
综上所述，当被告已经将钱还给原告后，要结案需要原告或法院根据具体情况采取相应的法律程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。