被告已履行付款义务后，案件可通过以下方式结案，具体需结合案件阶段和履行方式处理：

1. 诉讼中已履行付款义务

   • 原告撤诉：若被告在诉讼过程中（如一审、二审阶段）主动履行全部债务，原告可向法院提交《撤诉申请书》，法院审查后裁定准予撤诉，案件以“原告撤诉”方式终结。
     
   • 法院出具调解书/判决书并确认履行：若双方在法院主持下达成调解协议，或法院已作出判决，被告在调解书/判决书生效后履行付款义务，原告需向法院提交《结案申请书》或书面确认履行情况，法院审核后以“调解/判决已履行”方式结案。
     
   • 申请执行终结：若原告已申请强制执行，被告在执行阶段履行完毕，法院会出具《执行结案通知书》，载明“被执行人已履行完毕，本案执行终结”。

2. 诉讼前已履行付款义务

   • 原告未起诉：若被告在原告起诉前已主动履行债务（如偿还借款、支付货款），原告无权再以同一事实起诉，案件未进入诉讼程序即自然终结。
     
   • 原告已起诉但未缴费：若原告起诉后未缴纳诉讼费，法院按“撤诉处理”，被告履行行为不影响撤诉结果，案件以“原告未缴费撤诉”方式终结。

3. 关键注意事项

   • 履行凭证保留：被告需保留转账记录、收条、和解协议等证据，证明已履行义务，避免原告后续反悔。
     
   • 法院确认流程：若案件已进入执行阶段，被告履行后需主动联系执行法官，要求出具《执行结案通知书》，否则案件可能仍显示为“未结案”。
     
   • 诉讼时效中断：若被告部分履行债务，诉讼时效从履行之日起重新计算，原告仍有权就剩余债务起诉。

建议：若您已履行付款义务但未收到法院结案文书，或原告仍不撤诉，可携带履行凭证（如转账记录、收条）联系我，我将协助您向法院申请结案或应对潜在纠纷。