是否构成犯罪，需要根据具体情况来判断。

首先，我们要明确的是，员工在电商公司工作期间，偷偷开店并利用公司资源或信息进行盈利，这种行为可能涉及到多个法律层面的问题。以下是我根据不同情况进行的详细分析：

1. 如果员工利用了公司的资源或商业秘密：

   • 员工在偷偷开店的过程中，如果利用了公司的客户资源、商业秘密、技术信息或其他为公司带来竞争优势的资源，那么这种行为可能构成侵犯商业秘密罪或盗窃罪等犯罪。这是因为员工未经公司同意，擅自使用公司资源为自己谋取利益，损害了公司的合法权益。

2. 如果员工没有利用公司的资源，但违反了公司的规章制度：

   • 虽然员工没有直接利用公司资源，但如果公司的规章制度明确禁止员工从事与公司业务相竞争的活动，那么员工偷偷开店的行为可能构成违反公司规章制度的行为。这种情况下，虽然不一定构成犯罪，但员工可能会面临公司内部的纪律处分，如警告、罚款、解雇等。

3. 如果员工的行为没有违反任何法律或公司规章制度：

   • 在某些情况下，员工偷偷开店可能并没有违反任何法律或公司规章制度。例如，员工开店所售卖的商品与公司业务完全无关，且没有利用公司任何资源或信息。在这种情况下，员工的行为虽然可能不符合职业道德或公司文化，但并不构成犯罪。

综上所述，员工在电商公司工作期间偷偷开店并盈利3000元是否构成犯罪，需要根据具体情况来判断。如果员工利用了公司的资源或商业秘密，或者违反了公司的规章制度，那么这种行为可能构成犯罪。如果员工的行为没有违反任何法律或公司规章制度，那么就不构成犯罪。但无论如何，这种行为都可能导致员工与公司之间的信任关系破裂，并可能对员工未来的职业发展产生负面影响。因此，我建议员工在从事任何兼职或创业活动之前，都应先与公司进行充分沟通并征得公司的同意。