是的，知道密码擅自进入别人店铺拿了价值三千的东西，这种行为很可能构成犯罪。下面我将从几个角度详细分析这个问题：
一、法律定性
盗窃罪的构成：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，盗窃罪是指以非法占有为目的，秘密窃取公私财物数额较大或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃公私财物的行为。
- 在您描述的情况中，行为人知道密码擅自进入他人店铺，并拿走了价值三千元的物品，这符合盗窃罪中“秘密窃取”和“非法占有为目的”的构成要件。
数额标准：
- 盗窃罪的立案标准因地区而异，但一般来说，数额较大（如三千元以上）是构成盗窃罪的重要条件之一。
- 您提到的物品价值三千元，已经达到了多数地区盗窃罪的立案标准。
二、可能面临的法律后果
刑事处罚：
- 如果行为人的行为被认定为盗窃罪，且数额达到较大标准，那么他将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金的刑事处罚。
民事赔偿：
- 除了刑事处罚外，行为人还需要承担民事赔偿责任，即赔偿店铺因被盗而遭受的损失。
三、特殊情况考虑
密码获取方式：
- 如果行为人获取密码的方式是非法的（如通过黑客手段），那么这还可能构成其他犯罪，如非法侵入计算机信息系统罪等。
- 但即使密码获取方式合法，擅自进入他人店铺并拿走物品的行为仍然构成盗窃罪。
店铺性质：
- 如果店铺是行为人曾经工作过或有权进入的地方，但当前已无权进入，那么擅自进入并拿走物品的行为仍然构成盗窃罪。
- 店铺的性质（如是否为公共场所、是否有人看管等）可能影响案件的具体定性，但不影响盗窃罪的基本构成。
四、建议与措施
立即停止行为：
- 如果行为人尚未实施或正在实施此类行为，应立即停止，以避免更严重的法律后果。
主动投案自首：
- 如果行为人已经实施了此类行为，建议主动投案自首，争取从轻或减轻处罚。
寻求法律帮助：
- 在任何情况下，行为人都应寻求专业的法律帮助，以了解自己的权利和义务，并制定合适的应对策略。
总结：知道密码擅自进入别人店铺拿了价值三千的东西，这种行为很可能构成盗窃罪。行为人将面临刑事处罚和民事赔偿的法律后果。因此，我建议您或相关行为人立即停止此类行为，并主动寻求法律帮助以应对可能的法律后果。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。