政府采购中标公司不能将中标项目与分公司签订中标合同。以下是对此问题的详细分析：

一. 中标合同的签订主体

1. 依据法律规定：根据《政府采购法》及相关法律法规，中标通知书的发出对象是特定的供应商，即中标公司，而非其分公司。中标合同的签订应当在中标供应商与采购人之间进行。
2. 合同主体一致性：中标合同的签订主体应当与投标文件中的主体保持一致。如果中标公司将其中标项目转给分公司签订，将违反合同主体一致性的原则。

二. 分公司的法律地位

1. 分公司的性质：分公司是总公司的附属机构，虽然可以代表总公司进行某些业务活动，但在法律上并不具备独立的法人资格。
2. 责任承担：分公司不能独立承担民事责任，其所有行为产生的法律后果最终都由总公司承担。因此，由分公司签订中标合同可能会引发法律责任不清的问题。

三. 实践中的风险

• 合同无效风险：如果中标公司将其中标项目与分公司签订中标合同，该合同可能会因主体不适格而被认定为无效。这将导致采购项目无法顺利进行，给采购人和中标公司都带来损失。
• 信誉损失风险：此类行为还可能损害中标公司的商业信誉，使其在未来的政府采购活动中受到不利影响。

综上所述，政府采购中标公司不能将中标项目与分公司签订中标合同。我建议中标公司严格遵守相关法律法规和招标文件的规定，确保中标合同的签订主体与中标通知书的发出对象一致，以避免不必要的法律风险和信誉损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。