结论：政府采购中，分公司中标后是否可以以分公司名义签订合同，主要取决于总公司的授权情况、招投标文件的约定以及相关法律法规的规定。在总公司明确授权且符合招投标文件或相关法律规定的情况下，分公司可以代表总公司签订合同；否则，分公司无权独立签订合同。
一、法律基础与规定
《中华人民共和国民法典》关于代理的规定：
- 分公司作为总公司的附属机构，在总公司明确授权的情况下，可以作为总公司的代理人，在授权范围内以被代理人（即总公司）名义实施民事法律行为，包括签订合同。此时，合同的法律后果由总公司承担。
《中华人民共和国公司法》关于分公司的规定：
- 分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着分公司是总公司的附属机构，其行为在法律上视为总公司的行为。因此，在总公司授权的情况下，分公司可以代表总公司签订合同。
《中华人民共和国招标投标法》的相关规定：
- 招标人和中标人应按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，不得背离合同实质性内容。若招投标文件中明确规定中标单位可以由其分公司签订合同，则分公司签订合同是合法的。
二、实际情况分析
有总公司授权且符合招投标文件约定的情况：
- 当总公司中标后，如果向分公司出具了明确的授权委托书，并且招投标文件中也允许或未禁止分公司签订合同，那么分公司可以代表总公司签订合同。此时，合同的法律后果由总公司承担。例如，在某政府采购项目中，总公司中标后明确授权分公司签订合同，且招投标文件中未对此进行限制，那么分公司签订的合同是有效的。
无总公司授权或不符合招投标文件约定的情况：
- 如果分公司未经总公司授权，或者招投标文件中明确规定不允许分公司签订合同，那么分公司擅自签订合同将是无效的。因为分公司不具有独立的法人资格，无法独立承担民事责任。例如，在某政府采购项目中，招投标文件明确规定必须由中标总公司签订合同，而分公司未经授权擅自签订，那么该合同可能面临效力瑕疵，甚至被认定无效。
三、注意事项与建议
确保授权的明确性：
- 总公司对分公司的授权应详细、明确，包括授权范围、期限、权利和义务等。这有助于确保分公司在授权范围内行事，避免超越权限签订合同。
保持合同主体的一致性：
- 在招投标活动中，合同主体应与招投标主体保持一致。如需由分公司签订合同，应在投标文件中明确说明，并得到招标人的事先同意。这有助于维护招投标活动的公平性和公正性。
加强内部管理与监督：
- 总公司应建立健全的内部管理制度，加强对分公司签订和履行合同的监督和指导。这有助于确保合同的合法性和有效性，避免潜在的法律风险。
四、特殊情况探讨
尽管一般情况下分公司中标后需由总公司授权才能签订合同，但在某些特定条件下，如招标人明确同意或招投标文件有特别规定，分公司可能直接以自己名义签订合同。然而，这种情况较为罕见，且需严格符合相关法律法规和招投标文件的要求。
总结：政府采购中分公司中标后能否以分公司名义签订合同，需综合考虑总公司的授权情况、招投标文件的约定以及相关法律法规的规定。在确保合法合规的前提下，分公司可以代表总公司签订合同，并承担相应的法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。