被保理有限公司扣款后，首先应核查扣款原因与合法性，再与保理公司协商解决，若协商无果可寻求法律援助。以下是具体的解决步骤和建议：
一. 核查扣款原因与合法性
了解扣款原因：首先，您需要详细核查保理有限公司扣款的具体原因。这可能涉及您与该公司或其关联方之间的商业保理业务、贷款合同、分期付款合同等。通过审查相关合同和交易记录，确认扣款是否有合法依据。
评估扣款合法性：根据《中华人民共和国民法典》第五百零二条，依法成立的合同自成立时生效，双方应当履行合同约定。因此，如果扣款行为是基于合法有效的合同，且符合合同约定的付款条件，那么该扣款行为通常是合法的。但如果扣款无合法依据，或存在误扣、系统错误等情况，您有权要求保理公司立即停止扣款并协商解决方案。
二. 与保理公司协商解决
主动沟通：在确认扣款原因后，您可以主动与保理公司取得联系，就扣款事宜进行沟通。了解扣款的具体原因和依据，以及保理公司的退款政策等。
协商解决方案：如果发现扣款存在误扣、不合理或超出合同约定范围的情况，您可以与保理公司协商要求退款或调整扣款金额。在此过程中，建议保持冷静和理性，以寻求双方都能接受的解决方案。
三. 寻求法律援助与维权途径
咨询专业律师：如果与保理公司的协商无果，您可以寻求专业律师的法律援助。律师会帮助您分析案情，评估权益受损情况，并给出具体的法律建议。
采取法律行动：根据律师的建议，您可以选择通过法律途径来维权。这可能包括向相关监管部门投诉、提起仲裁或诉讼等。在此过程中，请务必保留好相关证据，如合同、交易记录、沟通记录等，以便更好地支持您的主张。
四. 注意事项与预防措施
确保行动合法合规：在处理此类问题时，请确保您的行动合法合规，避免采取过激或不当手段。
加强预防措施：为了避免类似问题的再次发生，建议您在与保理公司合作前详细了解其业务模式和合同条款。确保自己的权益得到充分保障，并谨慎签署任何允许保理公司从账户扣款的协议。
我建议您首先核查扣款原因和合法性，然后与保理公司进行友好协商。如果协商无果，及时寻求专业律师的帮助，通过法律途径来维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。