灵活就业人员通过持证上岗转为职工社保是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一. 法律依据
根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，无论是灵活就业人员还是单位职工，都有权依法参加社会保险并享受社会保险待遇。该法第五十八条规定：“用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。”第六十条规定：“用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。”
因此，当灵活就业人员与用人单位建立劳动关系后，用人单位有义务为其办理社会保险登记并缴纳社保费用，此时灵活就业人员的社保就可以依法转为职工社保。
二. 转换流程
停保或转移手续：灵活就业人员转为单位交社保，首先需要去当初办理个人缴纳社保的相关部门办理停保手续，当然有些地区是办理转移手续，流程相似。在办理停保或转移手续时，灵活就业人员需提供身份证、社保卡等相关证件和证明材料。
单位接续缴纳：个人办理好转移或停保手续后，新单位的相关工作人员会接续办理社保缴纳工作。一般情况下，单位会负责处理后续社保缴纳的所有事宜，个人无需过多操心。
三. 注意事项
确保信息准确无误：在办理社保转移手续时，灵活就业人员需确保个人社保账户的信息准确无误，以免影响后续的社保缴纳。
及时沟通确认：及时与新单位的人事或财务部门沟通，确认社保缴纳的起始时间和缴费基数，确保社保关系的连续性和缴费的及时性。
保留相关材料：保留好相关办理材料，以备后续查询或证明之用。
四. 关于持证上岗
持证上岗通常指的是劳动者通过职业资格考试或认证，获得相应的职业资格证书后从事相关工作。对于灵活就业人员而言，持证上岗不仅有助于提升自身的职业技能和竞争力，也是进入某些特定行业或岗位的必要条件。在转为职工社保的过程中，持证上岗并不构成限制或障碍，而是劳动者个人能力和资质的体现。
我的观点：灵活就业人员通过持证上岗转为职工社保是完全合法的，且有助于保障其合法权益和享受更全面的社会保险待遇。在办理过程中，建议灵活就业人员按照相关规定和流程操作，确保社保关系的顺利转移和后续缴纳的顺利进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。