保护被临时借调部门员工的权益，主要应从明确借调关系、保障薪酬福利、确保工作条件与劳动保护、以及提供职业发展机会等方面着手。以下是对这些方面的详细分析：

一. 明确借调关系

1. 签订借调协议：根据《劳动合同法》的相关规定，借调员工应签订书面的借调协议，明确借调期限、工作岗位、工作内容、薪酬福利等关键条款。这有助于确保员工在借调期间的权益得到明确保障。
2. 告知义务：用人单位在借调员工前，应履行告知义务，向员工详细说明借调的原因、期限、地点、岗位以及可能的影响，以便员工做出明智的选择。

二. 保障薪酬福利

1. 薪酬福利不变：借调员工的薪酬福利，包括工资、奖金、津贴、补贴、社会保险、公积金等，原则上应与原岗位保持一致，不得因借调而降低。这是保障员工经济权益的重要方面。
2. 按时支付：用人单位应按时足额支付借调员工的薪酬福利，确保员工的经济利益不受损害。

三. 确保工作条件与劳动保护

1. 提供适宜的工作条件：用人单位应为借调员工提供与原岗位相当的工作条件，包括办公环境、设备设施等，确保员工能够正常开展工作。
2. 加强劳动保护：根据《劳动法》和《安全生产法》的相关规定，用人单位应加强对借调员工的劳动保护，提供必要的劳动防护用品，定期进行安全教育和培训，确保员工的人身安全不受侵害。

四. 提供职业发展机会

1. 培训与发展：用人单位应为借调员工提供与原岗位员工同等的培训和发展机会，帮助员工提升技能水平，增强职业竞争力。
2. 职业规划：鼓励借调员工参与职业规划，明确职业发展方向，为员工提供晋升和发展的空间。

我建议用人单位在借调员工时，应充分考虑员工的权益和需求，确保员工在借调期间的合法权益得到全面保障。同时，员工自身也应积极了解借调协议的内容，维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。