公司以员工名义注册境外网站，如果涉及违法犯罪活动，则是违法的。具体分析如下：
一. 法律依据
《中华人民共和国网络安全法》第四十六条：任何个人和组织应当对其使用网络的行为负责，不得设立用于实施诈骗，传授犯罪方法，制作或者销售违禁物品、管制物品等违法犯罪活动的网站、通讯群组，不得利用网络发布涉及实施诈骗，制作或者销售违禁物品、管制物品以及其他违法犯罪活动的信息。
《中华人民共和国网络安全法》第六十七条：违反本法第四十六条规定，设立用于实施违法犯罪活动的网站，尚不构成犯罪的，将受到相应的处罚。这表明，无论是个人还是公司，如果以任何名义（包括员工名义）设立用于违法犯罪活动的网站，都是违法的。
二. 分析说明
行为主体：在此情况下，行为主体是公司，但公司是通过员工名义来进行操作的。这并不影响行为的违法性，因为无论是公司直接还是通过员工名义，只要实施了违法犯罪活动，都是违法的。
行为内容：注册境外网站本身并不违法，但如果该网站被用于实施违法犯罪活动（如诈骗、传授犯罪方法等），则构成违法。因此，关键在于网站的实际用途。
法律责任：如果公司以员工名义注册境外网站，并用于违法犯罪活动，公司及其直接负责的主管人员和其他直接责任人员都将承担相应的法律责任。
综上所述，公司以员工名义注册境外网站并不直接违法，但如果该网站被用于实施违法犯罪活动，则是违法的。我建议公司在注册和使用境外网站时，应确保遵守相关法律法规，避免涉及违法犯罪活动。如有进一步需要，您可以继续咨询我。