公司注册的网站由他人运营是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合法运营的情形

• 授权运营：若公司明确授权第三方（如专业网站运营公司）管理其注册网站，且双方签订合法有效的委托合同，明确权利义务，则属于合法行为。例如，公司因技术或人力不足，委托专业团队维护网站内容、更新信息或处理用户咨询，只要符合合同约定和法律规定，即不违法。
• 合作运营：若公司与其他主体（如关联企业、战略合作伙伴）共同运营网站，且合作协议中明确约定了运营方式、收益分配等条款，且不违反法律强制性规定（如反垄断法、数据安全法等），则属于合法合作。

2. 可能违法的情形

• 未经授权运营：若第三方未经公司同意，擅自使用公司注册的网站域名、商标或内容，可能构成侵权。例如，他人冒用公司名义发布虚假信息、销售假冒产品，或窃取公司用户数据，均可能涉及《商标法》《反不正当竞争法》或《刑法》中的侵犯商业秘密罪、非法获取计算机信息系统数据罪等。
• 违反行政法规：若网站运营涉及特定行业许可（如医疗、教育、金融），而运营方未取得相应资质，或网站内容违反《网络安全法》《互联网信息服务管理办法》等规定（如传播违法信息、未落实实名制），则可能面临行政处罚，甚至刑事责任。
• 数据安全与隐私侵权：若运营方在运营过程中未履行数据安全保护义务，导致用户信息泄露，可能违反《个人信息保护法》《数据安全法》，需承担民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

3. 法律建议

• 明确授权与合同：公司若委托第三方运营网站，应签订书面合同，明确运营范围、权限、数据安全责任及违约条款，避免权责不清。
• 合规审查：运营方应确保网站内容、功能符合法律法规，尤其是涉及用户信息收集、处理的环节，需遵守《个人信息保护法》要求，如获得用户同意、匿名化处理等。
• 监督与维权：公司应定期检查网站运营情况，若发现第三方违规操作（如篡改内容、泄露数据），应及时终止合作并追究法律责任。

4. 可能的法律后果

• 民事责任：侵权方可能需赔偿公司经济损失（如商誉损失、用户流失）及合理维权费用。
• 行政责任：违反行政法规的，可能面临罚款、吊销许可证等处罚。
• 刑事责任：若行为构成犯罪（如非法经营罪、侵犯公民个人信息罪），相关责任人可能被追究刑事责任。

总结：公司注册的网站由他人运营是否违法，需结合授权情况、运营内容及法律合规性综合判断。建议公司在委托运营前进行法律风险评估，并在合同中明确权责，运营过程中加强监督，以降低法律风险。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询。