农村自建房合同完工后，应按照以下步骤进行处理：
一. 进行工程验收
根据《中华人民共和国建筑法》及相关地方规定，农村自建房完工后，首先需要进行工程验收。
验收申请：建房村民应向乡镇人民政府（街道办事处）提出用地和规划验收申请。
验收流程：
- 用地和规划验收：乡镇人民政府（街道办事处）会组织相关部门进行用地和规划验收，确保房屋建设符合土地利用总体规划和村庄规划。
- 竣工验收：对于限额以上的住房，建设单位应按照相关规定组织竣工验收；限额以下的住房，施工单位（乡村建设工匠）和村民应对施工质量情况进行检查。
验收结果：
- 合格：若验收合格，会出具验收合格证明，房屋方可交付使用。
- 不合格：若验收不合格，要求施工方进行整改，直至达到验收标准。
- 生活实例：比如，某村民自建房完工后，向当地乡镇政府提交了验收申请。政府组织人员进行了现场验收，发现房屋存在部分质量问题，要求村民进行整改。整改完成后，再次验收合格，房屋得以交付使用。
二. 办理工程款结算
工程验收合格后，双方应按照合同约定的价款及调整内容进行工程款结算。
编制结算书：施工方应编制工程结算书，详细列出工程费用明细，包括工程价款、变更价款、索赔价款等。
审核与支付：建设方对结算书进行审核，审核无误后，按照合同约定的付款方式和期限支付工程款项。
- 立即支付：如果合同规定在工程完工后立即支付全部工程款，那么建房主体成功后，工钱应当立即付清。
- 暂缓支付：如果工程质量存在问题，即使工程已经完工，发包方也有权要求施工方在合理期限内进行修理或者返工，改建。在此情况下，工程款的支付可能会受到一定影响。
争议解决：若双方对工程款结算存在争议，应根据合同约定的争议解决方式（如协商、仲裁或诉讼）解决。
三. 合同终止与归档
- 合同终止：工程验收合格且款项结算完毕后，双方的权利义务基本履行完毕，合同可终止。
- 资料归档：双方应妥善保管合同及相关工程文件资料，以备后续可能的审计、查询等需求。
我的观点：农村自建房合同完工后的处理流程是一个涉及多方利益的重要环节，必须严格按照法律法规和合同约定进行。通过规范的验收、结算和归档流程，可以确保农村自建房的质量和安全，维护双方的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。