年报问询函不可以让独董签字。

年报问询函通常是监管机构对上市公司年报中存在的问题或疑点进行询问和质询的一种正式文件。独董，即独立董事，是上市公司董事会中的独立成员，他们不参与公司的日常经营管理，但对公司重大决策和事务具有独立的判断和监督职责。

在年报问询函的回复过程中，上市公司需要由公司的管理层或相关部门负责准备和提交回复材料，并对问询函中提出的问题进行逐一解答和说明。这一过程中，虽然独董可能会对公司年报的内容和回复材料提供意见或建议，但他们并不直接参与回复的签署和提交。

因此，年报问询函的回复应由上市公司作为整体进行签署和提交，而不是由独董个人签字。如果独董对年报或回复材料有异议或保留意见，他们可以通过其他途径表达，如向董事会或监管机构提交书面意见等。

综上所述，年报问询函的回复不应由独董签字，而是应由上市公司作为整体进行签署和提交。