关于挂靠人恶意虚开发票，被挂靠人是否承担责任的问题，这主要取决于具体的法律条款和合同条款，以及案件的具体情况。以下是对此问题的详细解答：
一、法律责任分析
虚开发票的法律后果：
- 根据相关税法规定，虚开的增值税专用发票不得作为扣税凭证。如果纳税人开具的增值税专用发票存在涉嫌虚开情形，该发票将被视为异常增值税扣税凭证，不允许抵扣增值税进项税额。已经申报抵扣的，需要作进项税额转出处理，并可能面临税务机关的追缴和处罚。
挂靠关系的法律责任：
- 在挂靠关系中，挂靠人挂靠在被挂靠公司名下从事经营活动。挂靠人需要对向被挂靠公司提供发票的真实性、合法性负责。如果被挂靠公司因挂靠人提供的虚开发票而遭受损失（如被税务机关追缴税款及滞纳金），挂靠人应承担相应的赔偿责任。
被挂靠公司的责任：
- 虽然被挂靠公司可能因挂靠人的虚开发票行为而遭受损失，但在某些情况下，被挂靠公司也可能因未尽到管理责任或监督义务而承担一定的责任。例如，如果被挂靠公司明知或应知挂靠人在进行虚开发票的行为，却未采取有效措施予以制止或纠正，那么被挂靠公司也可能面临法律责任。
二、具体案例分析
案例一：
- 在某案例中，挂靠人张某挂靠在C公司名下从事经营活动，并向C公司提供了虚开的增值税专用发票。后税务机关对C公司进行了税务检查，认定这些发票为虚开，并对C公司进行了追缴税款及滞纳金的处罚。最终，法院判决张某赔偿C公司因此遭受的税款及滞纳金损失。
案例二：
- 在另一案例中，苏某挂靠某建筑公司承揽工程，并购买了虚开的增值税普通发票用以平账。虽然苏某后来因自首、认罪认罚并主动补缴税款及滞纳金而未被刑事起诉，但检察机关仍建议税务机关对苏某挂靠的建筑公司给予行政处罚。这表明，即使挂靠人承担了部分责任，被挂靠公司也可能因管理不善而面临行政处罚。
三、建议与措施
加强合同管理：
- 被挂靠公司应与挂靠人签订明确的合同，明确双方的权利和义务，特别是关于发票的真实性和合法性的责任。
加强监督与管理：
- 被挂靠公司应加强对挂靠人的监督和管理，确保其提供的发票真实、合法。可以定期对挂靠人的经营活动进行审计和检查。
提升法律意识：
- 被挂靠公司和挂靠人都应提升法律意识，了解相关税法规定和法律责任。可以定期开展法律法规教育培训，增强双方的法治观念。
及时应对风险：
- 如果发现挂靠人存在虚开发票等违法行为，被挂靠公司应立即采取措施予以制止，并向税务机关报告。同时，应积极配合税务机关的调查和处理工作。
综上所述，挂靠人恶意虚开发票时，被挂靠人是否承担责任取决于多种因素。为了避免潜在的法律风险和经济损失，被挂靠公司应加强合同管理、监督与管理、提升法律意识，并及时应对风险。