在公司业务员职务侵占的案件中，公司负责人有可能会被查流水。以下是详细的分析：

1. 职务侵占的定义与查流水的必要性：

   • 职务侵占是指公司、企业或其他单位人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有。
   • 查流水是侦查职务侵占案件的重要手段。通过查询嫌疑人账户流水，能够了解资金的来龙去脉，判断有无异常资金往来，从而确定侵占行为、金额和资金用途。

2. 公司负责人可能被查流水的情况：

   • 如果公司负责人与职务侵占行为有直接或间接的关联，例如参与、指使或知情不报等，那么侦查机关为了查明案件事实，很可能会对公司负责人的流水进行调查。
   • 即使公司负责人没有直接参与职务侵占，但如果案件涉及公司财务或资金流转，且公司负责人对公司财务有管理或监督职责，那么为了核实公司财务情况，侦查机关也可能对公司负责人的流水进行核查。

3. 查流水的具体方式和范围：

   • 侦查机关会查询嫌疑人（包括公司负责人）的银行账户、电子支付账户等流水记录。
   • 同时，也会查询单位的财务流水，对比账目与实际资金流转情况，以核查有无资金被挪用或侵占。

4. 法律后果与建议：

   • 如果公司负责人被查出与职务侵占行为有关，可能会面临法律责任，包括但不限于刑事追责、民事赔偿等。
   • 因此，公司负责人应当积极配合侦查机关的调查工作，如实提供相关信息和资料。同时，也应当加强公司内部管理，防范职务侵占等违法犯罪行为的发生。

综上所述，在公司业务员职务侵占的案件中，公司负责人有可能会被查流水。为了防范风险，公司负责人应当加强内部管理，并确保公司财务的合规性和透明度。如果面临相关问题，建议及时向我咨询，以便得到专业的法律帮助。