针对你提出的“公司扣运输费不合理但是签字了怎么办”的问题，首先我们要明确一点：签字并不意味着你完全认可了公司的扣款行为，特别是在你认为扣款不合理的情况下。接下来，我将从几个方面为你详细解析这个问题，并提供相应的法律建议。

1. 签字行为的法律意义：

   • 签字通常被视为对某种行为或协议的确认和认可。但在某些情况下，如受到欺诈、胁迫或重大误解时，签字可能并不具有完全的法律效力。
   • 如果你在签字时并不了解扣款的详细情况，或者扣款金额与事先约定的不符，那么你可能存在被欺诈或重大误解的情况。

2. 不合理扣款的法律应对：

   • 首先，你应该尝试与公司进行沟通，了解扣款的具体原因和依据，并表达你的不满和质疑。
   • 如果沟通无果，你可以考虑收集相关证据，如运输合同、扣款通知、交易记录等，以证明公司扣款的不合理性。
   • 接着，你可以向公司提出正式的书面异议，要求公司解释扣款原因并提供相应的法律依据。

3. 法律途径的考虑：

   • 如果公司对你的异议置之不理，或者扣款行为确实存在法律问题，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
   • 你可以向当地的劳动监察部门或工商行政管理部门投诉，要求他们介入调查并处理此事。
   • 如果必要，你还可以考虑向法院提起诉讼，要求公司退还不合理的扣款，并赔偿因此给你造成的损失。

4. 签字后的补救措施：

   • 尽管你已经签字，但如果你认为签字行为存在欺诈、胁迫或重大误解，你仍然有权在法律上寻求救济。
   • 你可以考虑咨询专业律师（比如我），了解你的具体情况，并探讨可能的法律救济途径。

综上所述，即使你已经签字确认了公司的扣款行为，但如果你认为扣款不合理且存在法律问题，你仍然有权采取一系列措施来维护自己的权益。建议你先与公司进行沟通并提出异议，如果无果再考虑法律途径。如果你需要进一步的法律帮助或咨询，请随时联系我。