科研人员在其配偶公司帮助工作是否合法，主要取决于具体的工作性质、是否存在劳动关系以及是否违反相关法律法规或公司规定。下面我将从几个角度进行详细分析：

1. 劳动关系与兼职规定：

   • 如果科研人员与其配偶公司之间建立了正式的劳动关系，并且符合劳动法的相关规定，那么其在配偶公司帮助工作是合法的。
   • 如果科研人员是以兼职的形式在配偶公司工作，需要确保这种兼职不违反其本职工作单位的规章制度，也不违反劳动法关于兼职的规定。

2. 公司规定与利益冲突：

   • 科研人员需要了解并遵守配偶公司的相关规定，特别是关于员工家属在公司工作的规定。
   • 如果科研人员的工作可能涉及利益冲突，比如参与决策、获取敏感信息等，那么这种帮助工作可能会被视为不合法或不合规。

3. 知识产权与保密义务：

   • 如果科研人员在帮助工作过程中接触到了配偶公司的知识产权或商业秘密，需要严格遵守保密义务，不得泄露给第三方。
   • 如果科研人员利用了这些知识产权或商业秘密为自己或他人谋取利益，那么这种行为将是违法的。

4. 法律法规的约束：

   • 科研人员需要确保自己的行为不违反相关法律法规，比如公司法、劳动法、反不正当竞争法等。
   • 如果科研人员的行为违反了法律法规，那么即使其配偶公司同意其帮助工作，这种行为也是不合法的。

综上所述，科研人员在其配偶公司帮助工作是否合法，需要综合考虑多个因素。建议科研人员在帮助工作前，与配偶公司明确工作性质、职责范围以及相关的法律法规和公司规定，以确保自己的行为合法合规。如果有任何疑问或不确定的地方，可以随时向我咨询。