公司车辆两年后无偿转让给个人是合法的。具体分析如下：
一. 合法性分析
- 财产转移合法性：公司车辆作为公司的财产，公司有权根据其经营需要和决策进行处置，包括将其无偿转让给个人。这种行为在法律上并没有明确的禁止性规定，因此，从财产转移的角度来看，这种转让是合法的。
- 登记变更要求：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十二条和《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第七条，机动车所有权发生转移的，应当及时办理转移登记。这意味着，公司车辆无偿转让给个人后，双方需要按照相关规定，到公安机关交通管理部门办理转移登记手续。这一要求确保了车辆所有权的合法变更和交通管理的有序进行。
二. 实际操作建议
- 办理转移登记：在公司车辆无偿转让给个人后，双方应尽快携带相关证明、凭证（如身份证明、机动车所有权转移的证明、机动车登记证书、机动车行驶证等）到公安机关交通管理部门办理转移登记。
- 检查车辆状况：在转让前，建议对个人进行车辆状况的全面检查，以确保车辆的安全性和合法性。
- 明确双方权益：虽然是无偿转让，但双方仍应明确各自的权益和责任，避免未来可能出现的纠纷。
综上所述，公司车辆两年后无偿转让给个人是合法的，但双方需要按照相关规定办理转移登记手续，并确保车辆状况的合法性和安全性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。