美团酒店对未到店推翻的商家的罚款，确实有可能从预付金额里面扣除。以下是对此问题的详细分析：

一. 合同条款是关键

1. 合同内容决定扣款方式：根据美团酒店与商家之间签订的合同条款，会明确规定罚款的支付方式和来源。通常，这些条款会详细列明在何种情况下美团酒店有权对商家进行罚款，以及罚款的具体金额或计算方式。
2. 预付金额的性质：预付金额通常是商家为了保障合同履行而提前支付给美团酒店的一笔款项。如果合同中有规定，美团酒店有权在商家违约时从预付金额中扣除罚款，那么这种扣款行为就是合法的。

二. 法律依据

1. 合同法原则：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，合同一旦成立，即对双方具有法律约束力。因此，如果美团酒店与商家之间的合同中明确规定了罚款可以从预付金额中扣除，那么美团酒店就有权按照合同约定执行。

三. 实际操作

1. 扣款通知：在实际操作中，如果美团酒店决定从预付金额中扣除罚款，通常会向商家发出扣款通知，明确告知扣款的原因、金额以及扣款后的剩余预付金额。
2. 商家权益：商家在收到扣款通知后，如果认为扣款行为不符合合同约定或法律规定，可以向美团酒店提出异议，并寻求法律途径解决争议。

综上所述，美团酒店对未到店推翻的商家的罚款，如果合同中有明确规定，确实可以从预付金额中扣除。我建议商家在签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于罚款和扣款的部分，以确保自身权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。